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Prototype

豊富な機能をもったライブラリ
機能が多すぎて使いきれないです。
$('sample')といった記述だけでオブジェクトにアクセスできます。
(多分これが一番使われている。)
当サイトでも利用しています。
$('sample')といったアクセスでしか使用していないので無駄ですね・・・。
 
サイト：Prototype
 
jQuery

Prototypeとほぼ同等の機能をもったライブラリ
一番の違いはプラグインを利用できるところ
プラグインによって機能を拡張できるのでサードパーティのプラグインを組み込んで利用できます。
 
一番気に入ったところブラウザバック時に各種変数を初期化してくれるところです。
IE以外のブラウザだとブラウザバックしてもフラグなどの変数を初期化されずに残っています。
そのため、２重打鍵のロックをするとブラウザバックした場合ボタンが押せなくなってしまいます。
jQueryは読み込むだけで、フラグなどの変数を初期化してくれます。
正直PrototypeからjQueryに乗り換えを検討しようかなと・・・。
 
サイト：jQuery
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